鉴于潘传进与中铁十二局二公司之间形成的是事实上的建设工程分包合同，参照双方约定计算工程价款的基础不存在，且双方当事人无法达成补充协议。根据《合同法》第六十二条2第二项规定，“价款或者报酬不明确的， 按照订立合同时履行地的市场价格履行；依法应当执行政府定价或者政府指导价的，按照规定履行。”本院认为，铁路部门发布的预算定额属于政府指导价，参照铁路定额及施工同期相关的计价文件计算潘传进已完工程的工程价款，符合前述规定，也能够反映潘传进在工程中的实际投入，与双方当事人预期的价款较为接近。故一审法院采信华昆咨询价鉴(2019)2号鉴定意见书按铁路定额及施工同期相关的计价文件计算的工程价款并无不当，应当予以认。潘传进主张其已完工程的工程价款应参照《施工总价承包合同》所附《工程量清单计价表》结算没有法律依据。至于潘传进与王金锋之间签订的《建设工程施工协议》虽然约定参照《施工总价承包合同》所附《工程量清单计价表》进行结算，但王金锋已提交证据证明《建设工程施工协议》系为提高潘传进的结算额度而签订，故潘传进不能基于虚假的《建设工程施工协议》向该合同外的第三人中铁十二局二公司提出合同上的请求。综上，潘传进关于其已完成工程的工程价款应参照《施工总价承包合同》所附《工程量清单计价表》结算的上诉理由不能成立。

对潘传进已完工程的工程价款，中铁十二局二公司上诉主张，间接费868820元和按照税率3.35%计算的营业税218898元应从潘传进应得工程价款中予以扣除。对此，最高人民法院认为，华昆咨询价鉴(2019)2号鉴定意见书载明，间接费868820元包括了企业管理费、规费和利润。因企业管理费与实际施工人的资质无关，且潘传进在建设施工过程中进行了具体的工程管理，故管理费不应从潘传进应得工程价款中扣除。而规费作为政府和有关权力部门规定必须缴纳的费用，包括为职工缴纳的五险一金以及按规定缴纳的施工现场工程排污费等费用，因案涉工程由潘传进组织的工人施工，所涉及的五险一金等应由潘传进承担，故规费不应从潘传进应得工程价款中扣除。 至于利润，作为施工方的潘传进，其劳力、材料等已物化在建设工程的整体价值中，在潘传进完成的工程不存在质量问题的情况下，中铁十二局二公司的合同目的已实现，利润是潘传进理应获得的相应对价，如将该部分利润留给中铁十二局二公司，则基于同样一份无效合同，中铁十二局二公司将获得更多的非法利益，有违合同公平合理的基本原则，故利润亦不应从潘传进应得工程价款中扣除。营业税在本案中是对提供应税劳务的单位和个人就其所取得的营业额征收的税种，中铁十二局二公司并非提供应税劳务的单位，中铁十二局二公司上诉主张由其在当地税务局缴纳，但并未提供证据证明。综上，中铁十二局二公司关于间接费、营业税应从潘传进应得工程价款中予以扣除的上诉理由不能成立。

如前所述，因潘传进关于其已完工程的工程价款应参照《施工总价承包合同》的约定计算的主张不能成立，因此，对潘传进主张启动对案涉工程按《施工总价承包合同》所附《工程量清单计价表》进行工程造价、经济损失司法鉴定的申请，不予准许。此外，潘传进还主张对中铁十二局二公司应当向其赔偿的预期利润损失进行鉴定。《合同法》第五十八条规定，“合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还:不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失， 双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。”第一百一十三条第一款规定， “当事人-方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，给对方造成损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违反合同一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违反合同可能造成的损失。”根据上述规定，预期利润损失是在合同有效情形下可以获得的赔偿，在潘传进与中铁十二局二公司形成的事实建设工程分包合同无效的情况下，对潘传进关于预期利润进行鉴定的申请不予准许。潘传进还主张对2015年5月10日被洪水冲毁的机械设备损失以及窝工损失进行鉴定，为证明其主张，潘传进在一审中提交了《坪上隧道洪水财产损失统计表》 《坪上隧道个人财产损失统计表》以及关于洪水造成经济损失的媒体报道，但《坪上隧道洪水财产损失统计表》《坪上隧道个人财产损失统计表》系其单方制作，未经中铁十二局二公司确认，而关于洪水造成经济损失的媒体报道亦不能直接证明潘传进因洪水所遭受的损失，在没有其他证据佐证的情况下，前述证据不足以证明该部分损失。而且，参照双方《劳务作业(隧道工程)承包合同》第三条之三关于因洪水等不可抗力导致工期延误或暂停施工，双方互不承担赔偿责任的约定，潘传进请求赔偿因洪水造成的财产损失缺乏依据， 对其相应鉴定申请亦不予准许。