工程的质量是否合格，在当事人有争议并且已经进行了司法鉴定的情况下，应当依据鉴定结论作出判断。

但是，在施工的过程中每一道工序都已由建设单位、设计单位、勘察单位、监理单位、质检单位参与验收，且都是在上述单位认可其上一工序质量合格之后才进入下一工序施工的情形下，案涉工程质量最终被鉴定为成批不合格，应当认定责任不完全在施工方。