从鉴定机构的表述可以看出，从专业角度理解和单从字面表述去理解合同条款可能会存在很大的不同，我们认为非造价专业出身的委托人对合同条款理解时可能更多的是从约定是否合法、当事人双方的真实意思表示等方面去考虑，而鉴定机构在理解时更多的是从专业角度去考虑是否合适、合理或者说合乎常规做法。经当事人提出质疑后，鉴定机构在最终的鉴定意见中分別按照市场信息指导价、某省人工费调价文件中的价格出具了不同的意见供委托人选择，而仅就人工费调整这一项便涉及900余万元的差异。虽然此后法院基于公平原则，在判决时并未支持合同约定的调整方式，但是我们认为基于从约原则、取舍原则，鉴定机构不能擅自决定合同条款的适用与否，正确的做法应是按照委托人的决定分别作出两种鉴定意见供委托人选择。

综上所述，我们认为对于合同是否有效、是否按照合同约定计价依据进行鉴定、遇合同条款约定不明、约定有冲突等问题时，鉴定机构应书面函请委托人确定，在委托人决定前，鉴定机构应充分跟委托人进行沟通交流，提出我们的专业意见供委托人参考，但当委托人一旦决定后，鉴定机构应该按照委托人的决定进行鉴定。其次，在正式开始鉴定初期，便认真梳理合同文件，并就合同文件的相关内容函请委托人加以明确，从而明确鉴定方向，往往会减少很多不必要的工作，提高鉴定效率，同时也是避免鉴定意见不被采纳的有效方式。最后，也是非常重要的一点，我们提出的建议必须是基于客观公正的原则提出的建议，此类建议被采纳的可能性也会更高。